Det antages, at madintolerancer kan være forårsaget af dårlig kvalitet af bakterier i tarmen. Dette kan føre til vanskeligheder med at fordøje udløsermadene og ubehagelige symptomer som oppustethed, gas, diarré, mavesmerter og kvalme. Der er nogle beviser for, at fødevareallergi også kan være relateret til tarmens sundhed.